Genetische Vielfalt auf SNP-Marker Basis

Die Genetische Vielfalt in einer Population bildet die Grundlage für den Erhalt der Fitness in dieser.  

Im Gegensatz zu den Rassemerkmalen reduziert sich die Fitness und Anpassbarkeit eines Organismus mit zunehmender Homozygotie und führt letztendlich zur Inzuchtdepression, also der Anhäufung und Ausprägung schädlicher genetischer Veränderungen. Mit Kenntnis von individuellen Vielfaltswerten des genetischen Materials eines Zuchttieres können diese bei der Zusammenstellung von Verpaarungen berücksichtigt werden.

generatio bietet im Bereich der Routinediagnostik ein spezielles Testportfolio an, das auf SNP-Chip Technologie basiert (SNP = Single Nucleotide Polymorphism). Dieser Ansatz ermöglicht es je nach Tierart zwischen 60.000- 230.000 Einzelmarker, die gleichmäßig über das Genom verteilt sind, parallel zu untersuchen und deren individualtypische Ausprägung zu bestimmen.

Der Heterozygotiegrad ist eine Möglichkeit, die genetische Vielfalt zu quantifizieren. Der Heterozygotiegrad misst den Anteil ausgewählter Genorte ihres Tieres, an denen das Genom heterozygot ist. Dies bedeutet, dass es an vielen Genorten zwei verschiedene, sogenannte Allele trägt. „Heterozygot„ bedeutet, dass die zwei Allele eines Genorts unterschiedlich sind. Im Gegensatz dazu bedeutet "homozygot", dass die beiden Allele gleich sind. Der Heterozygotiegrad alleine ist als Vielfaltswert nicht ausreichend für eine fundierte Einschätzung des Inzuchtstatus ihres Tieres, kann jedoch einen signifikanten Verlust an genetischer Diversität anzeigen.

Zusätzlich wird der Mittelwert der Population angezeigt. Dieser Wert repräsentiert den Durchschnitt aller untersuchten Tiere derselben Art oder Rasse. Dieser gibt Ihnen eine Referenz zu dem individuell getesteten Tier.

Der genomische Inzuchtkoeffizient (GIK) gibt an, welcher Anteil des Genoms durch Verwandtschaft der Elterntiere bei einem Nachkommen identisch ist. Anders als die Heterozygotie, die nur den Anteil heterozygoter Gene beschreibt, ermöglicht der Inzuchtkoeffizient gezielt die Identifizierung von Genbereichen mit Verlusten von Erbinformation. Umso höher der Inzuchtkoeffizient, desto mehr Gene stammen von gleichen Verwandten in der Ahnenreihe.

Früher wurde der Inzuchtkoeffizient anhand von Ahnentafeln geschätzt. Dabei werden jedoch Inzuchtevents, die vor den evaluierten Generationen stattfanden, vernachlässigt. generatio bestimmt den tatsächlichen Inzuchtstand eines Tieres anhand genomischer Informationen, die aus der Auswertung eines SNP-Arrays gewonnen werden. Dabei wird genomweit die Variabilität eines Tieres innerhalb seiner Art abgefragt und der Inzuchtgrad kann inklusive der Hintergrund-Inzucht (die zum Beispiel durch Rassen- oder Ökotypbildung entsteht) angegeben werden. Dieser Wert wird als genomischer Inzuchtkoeffizient bezeichnet. Dadurch ist es auch möglich den genetischen Inzuchtstatus eines Tieres zu bestimmen ohne genauere Kenntnisse über die Verwandtschaft der Elterntiere oder anderer Ahnen zu haben.

Bitte beachten Sie: Hohe GIK-Werte bei Einzeltieren stellen keinen Zuchtausschluss dar und mindern auch nicht ihren Zuchtwert. Allerdings ist es wichtig, für diese Tiere einen Zuchtpartner zu finden, der für diese ingezüchteten Bereiche im Genom komplementäre Genvarianten besitzt, um die genetische Variabilität der Nachkommen zu erhöhen. So kann langfristig der Verlust von Genmaterial in der Population und die daraus resultierende Inzuchtdepression verhindert werden.“

Dies zeigt die Verteilung der GIK Werte in einer Grundgesamtheit z.B in der eigenen Herde oder in der gesamten Population. Das eigene Tier wird dort im Vergleich zu den anderen Tieren abgebildet.